Négy faj és számos zebra alfaj létezik. A zebra populációk nagymértékben különböznek egymástól, és az alfajok besorolása közötti kapcsolatok jól ismertek. Az alföldi zebra (Equus quagga, hivatalosan Equus burchelli) a legelterjedtebb faj, melynek tizenkét alfaja létezik Dél- és Kelet-Afrikában. Ez a faj, illetve ennek fő alfajai a közönséges zebra, a dauw, a Burchell-zebra (jelenleg az Equus quagga burchelli alfajként ismert) és a kvagga (a kihalt alfaj az Equus quagga quagga). Délnyugat-Afrikában él a hegyi zebra (Equus zebra). Fényes bőre van, hastájéka fehér és csíkjai keskenyebbek, mint az alföldi zebrának. Két alfaja létezik és státusza szerint veszélyeztetett. A Grévy-zebra (Equus grevyi) a legnagyobb, egyenes sörénnyel és hosszú, keskeny fejjel, mely megjelenését öszvérszerűvé teszi. Etiópia, Szomália és Észak-Kenya félszáraz füves vidékén él. A Grévy-zebra egyike napjaink legritkább fajainak, és státusza szerint veszélyeztetett. Habár a zebrafajok előfordulási területei fedik egymást, nem kereszteződnek. Ez még akkor is igaz volt, amikor az alföldi zebra kvagga és a burchelli alfajai ugyanazon a területen osztoztak. Dorcas McClintock „A Natural History Of Zebras” című művében írta, hogy a Grévy-zebrának 46 kromoszómája van; az alföldi zebráknak 44 kromoszómájuk van és a hegyi zebrák 32 kromoszómával rendelkeznek. Fogságban az alföldi zebrák kereszteződnek a hegyi zebrákkal. A hibrid csikóknál nincs lebernyeg és felismerhetőek rajtuk az alföldi zebrák jellegzetesen nagyobb fülei és hátsófelük mintázata. A Grévy-zebra mén és a hegyi zebra kanca keresztezése általában elvetéléssel végződik.